################################################### ### chunk number 1: preliminaries ################################################### #line 207 "nacopula-pkg.Rnw" options(width=70, useFancyQuotes = FALSE, prompt="R> ", continue="+ ") Sys.setlocale("LC_MESSAGES","C") if(Sys.getenv("USER") == "maechler")# take CRAN's version, not development one: library(nacopula, lib="/usr/local/app/R/R_local/library") ################################################### ### chunk number 2: acopula-family ################################################### #line 322 "nacopula-pkg.Rnw" library("nacopula") ls("package:nacopula", pattern = "^cop[A-Z]") copClayton copClayton@psi copClayton@psiInv # the inverse of psi(), psi^{-1} copClayton@V0 # "sampler" for V ~ F() ################################################### ### chunk number 3: ex1-definition ################################################### #line 492 "nacopula-pkg.Rnw" (theta <- copJoe@tauInv(0.5)) C3joe.5 <- onacopula("Joe", C(theta, 1:3)) ################################################### ### chunk number 4: ex1-str ################################################### #line 501 "nacopula-pkg.Rnw" str(C3joe.5) # str[ucture] of object ################################################### ### chunk number 5: ex1-U3 ################################################### #line 509 "nacopula-pkg.Rnw" library("lattice") set.seed(1) dim(U3 <- rnacopula(500, C3joe.5)) ################################################### ### chunk number 6: ex1-splom-def eval=FALSE ################################################### ## #line 516 "nacopula-pkg.Rnw" ## splom2(U3, cex = 0.4) ################################################### ### chunk number 7: ex1-splom ################################################### #line 518 "nacopula-pkg.Rnw" print( #line 516 "nacopula-pkg.Rnw#from line#519#" splom2(U3, cex = 0.4) #line 520 "nacopula-pkg.Rnw" ) ################################################### ### chunk number 8: ex1-explore1 ################################################### #line 530 "nacopula-pkg.Rnw" round(cor(U3, method="kendall"), 3) ################################################### ### chunk number 9: ex1-explore2 ################################################### #line 537 "nacopula-pkg.Rnw" c(pnacopula(C3joe.5, c(.5, .5, .5)), pnacopula(C3joe.5, c(.99,.99,.99))) ################################################### ### chunk number 10: ex1-explore3 ################################################### #line 544 "nacopula-pkg.Rnw" prob(C3joe.5, c(.8, .8, .8), c(1, 1, 1)) ################################################### ### chunk number 11: ex2-explore4 ################################################### #line 550 "nacopula-pkg.Rnw" c(copJoe@lambdaL(theta), copJoe@lambdaU(theta)) ################################################### ### chunk number 12: NAC_3d-ex ################################################### #line 688 "nacopula-pkg.Rnw" ( C3 <- onacopula("A", C(0.2, 1, C(0.8, 2:3))) ) ################################################### ### chunk number 13: NAC_3d-ex2 ################################################### #line 692 "nacopula-pkg.Rnw" stopifnot(identical(C3, onacopula("A", C(0.2, 1, list(C(0.8, 2:3, list())))) )) ################################################### ### chunk number 14: AMH-V01 ################################################### #line 797 "nacopula-pkg.Rnw" copAMH@nestConstr copAMH@V01 ################################################### ### chunk number 15: ex2-definition ################################################### #line 972 "nacopula-pkg.Rnw" theta0 <- copClayton@tauInv(0.2) theta1 <- copClayton@tauInv(0.5) theta2 <- copClayton@tauInv(0.8) c(theta0, theta1, theta2) C_9_clayton <- onacopula("Clayton", C(theta0, c(3,6,1), C(theta1, c(9,2,7,5), C(theta2, c(8,4))))) C_9_clayton ################################################### ### chunk number 16: U9-prepare-splom ################################################### #line 987 "nacopula-pkg.Rnw" set.seed(1) U9 <- rnacopula(500, C_9_clayton) j <- allComp(C_9_clayton)# copula component "numbers": 1:9 but in "correct order" (vnames <- do.call(expression, lapply(j, function(i) substitute( U[I], list(I=0+i))))) ################################################### ### chunk number 17: ex2-splom-def eval=FALSE ################################################### ## #line 996 "nacopula-pkg.Rnw" ## splom2(U9[, j], varnames= vnames, cex = 0.4, pscales = 0) ################################################### ### chunk number 18: ex2-splom ################################################### #line 998 "nacopula-pkg.Rnw" print( #line 996 "nacopula-pkg.Rnw#from line#999#" splom2(U9[, j], varnames= vnames, cex = 0.4, pscales = 0) #line 1000 "nacopula-pkg.Rnw" ) ################################################### ### chunk number 19: ex2-explore1 ################################################### #line 1010 "nacopula-pkg.Rnw" round(cor(U9[,9],U9[,7], method="kendall"), 3) ################################################### ### chunk number 20: ex2-explore2 ################################################### #line 1017 "nacopula-pkg.Rnw" c(pnacopula(C_9_clayton, rep(.5,9)), pnacopula(C_9_clayton, rep(.99,9))) ################################################### ### chunk number 21: ex2-explore3 ################################################### #line 1023 "nacopula-pkg.Rnw" prob(C_9_clayton, rep(.8,9), rep(1,9)) ################################################### ### chunk number 22: ex2-explore4 ################################################### #line 1029 "nacopula-pkg.Rnw" c(copClayton@lambdaL(theta0), copClayton@lambdaU(theta0)) c(copClayton@lambdaL(theta1), copClayton@lambdaU(theta1)) c(copClayton@lambdaL(theta2), copClayton@lambdaU(theta2)) ################################################### ### chunk number 23: outerpower-def ################################################### #line 1061 "nacopula-pkg.Rnw" str(opower) ################################################### ### chunk number 24: opwer-def2 ################################################### #line 1077 "nacopula-pkg.Rnw" thetabase <- copClayton@tauInv(.5) (opow.Clayton <- opower(copClayton, thetabase)) ################################################### ### chunk number 25: opwer-def3 ################################################### #line 1086 "nacopula-pkg.Rnw" theta0 <- opow.Clayton@tauInv(2/3) # will be 1.5 theta1 <- opow.Clayton@tauInv(.75) # will be 2 opC3 <- onacopula(opow.Clayton, C(theta0, 1, C(theta1, c(2,3)))) ################################################### ### chunk number 26: U3-ex ################################################### #line 1097 "nacopula-pkg.Rnw" U3 <- rnacopula(500, opC3) ; stopifnot(dim(U3) == c(500,3)) ################################################### ### chunk number 27: opower-splom-def eval=FALSE ################################################### ## #line 1102 "nacopula-pkg.Rnw" ## splom2(U3, cex = 0.4) ################################################### ### chunk number 28: opower-splom ################################################### #line 1104 "nacopula-pkg.Rnw" print( #line 1102 "nacopula-pkg.Rnw#from line#1105#" splom2(U3, cex = 0.4) #line 1106 "nacopula-pkg.Rnw" ) ################################################### ### chunk number 29: opower-explore1 ################################################### #line 1119 "nacopula-pkg.Rnw" round(cor(U3, method="kendall"), 3) ################################################### ### chunk number 30: opower-explore2 ################################################### #line 1125 "nacopula-pkg.Rnw" rbind(th0 = c(L = opow.Clayton@lambdaL(theta0), U = opow.Clayton@lambdaU(theta0)), th1 = c(L = opow.Clayton@lambdaL(theta1), U = opow.Clayton@lambdaU(theta1))) ################################################### ### chunk number 31: sessionInfo ################################################### #line 1138 "nacopula-pkg.Rnw" toLatex(sessionInfo()) ################################################### ### chunk number 32: nacopula-version eval=FALSE ################################################### ## #line 1145 "nacopula-pkg.Rnw" ## my.strsplit( packageDescription("nacopula")[["LastChanged"]] ) ################################################### ### chunk number 33: nacopula-version ################################################### #line 1148 "nacopula-pkg.Rnw" cat(strsplit(packageDescription("nacopula")[["LastChanged"]], "; *")[[1]],"", sep="\n")